Istorijsko odeljenje pokriva period od 7. veka do kraja 1945. godine. Prvi predmeti koji su svedočili o istorijatu šabačkog kraja dospeli su u Muzej tridesetih godina 20. veka kada je muzejska zbirka funkcionisala u okviru Šabačke narodne knjižnice i čitaonice. Danas se predmeti čuvaju i obrađuju po sledećim zbirkama: oružje i oprema, odlikovanja, pečati, oprema i alati, istorija Stari grad i istorija sitni predmeti. U toku je formiranje zbirke unifomi. Na stalnoj muzejskoj postavci izloženo je oko 20% od ukupnog broja predmeta, ostatak se nalazi u depou i povremeno izlaže na tematskim i drugim stručnim izložbama. Manji deo zbirki je publikovan, pre svega u katalozima povremenih izložbi.

U zbirci oružja i opreme čuvaju se primerci hladnog i vatrenog oružja počev od srednjeg veka do kraja Drugog svetskog rata. Kada je reč o hladnom oružju Muzej poseduje par primeraka mačeva, buzdovana, helebardi i vrhova kopalja, iz XIX – XX veka. Jatagani, sablje, bajoneti i tesaci su takođe zastupljeni. Najraniji primerak vatrenog oružja, u zbirci, jeste top sa barke iz XIV veka, tu se nalaze i dve topovske cevi, kubure i puške iz ustaničkog perioda kao i oružje korišćeno u ratovima od XIX veka do 1945. godine pronađeno na području Šapca i okoline. Pored oružja u zbirci se nalazi municija i predmeti vojne opreme vezani za ratove, događaje i ličnosti sa teritorije koju pokriva Muzej.

Zbirka odlikovanja obuhvata ordene, spomenice i medalje dodeljivane kako za vojne zasluge tokom ratova, tako i za angažovanje u školstvu, kulturi, crvenom krstu, na radu i i drugim oblastima civilnog života, kako u predratnom tako i u posleratnom periodu. Pored odlikovanja koja su dodeljivana pojedincima u ovoj zbirci se nalaze tri odlikovanja kojima je odlikovan grad Šabac za stradanja tokom Prvog svetskog rata: Francuski ratni krst sa palminom grančicom, Češkoslovački ratni krst i Karađorđeva zvezda sa mačevima IV reda.

Zbirka pečata je dosta mala i obuhvata mahom štambilje i pečate iz oblasti apotekarstva i farmacije.

Istorija sitni predmeti obuhvata delove opreme, odeće, pokućstva, nakita i drugih stvari pronađenih na terenu, a vremenski se odnose na period srednjeg veka do početka 19. veka.

U zbirci Istorija Stari grad čuvaju se sitni predmeti pronađeni na lokalitetu šabačke tvrđave, uglavnom su fragmentovani, a potiču s kraja 18 i iz 19. veka. U okviru istorijske zbirke Muzej poseduje zbirku propagandnog materijala iz Drugog svetskog rata (1390 jedinica), zbirku geografskih karata (110 jedinica) i zbirku predmeta starih šabačkih apoteka (100 jedinica).